IntelliJ IDEA (ainsi que les autre produits de JetBrains) propose un outil de comparaison de fichiers très puissant.

Si vous souhaitez l’utiliser également en dehors d’IntelliJ IDEA il faut tout d’abord créer le lanceur en ligne de commande qui permet de démarrer IntelliJ IDEA depuis le terminal. Pour cela allez dans le menu Tools>Create Command-line launcher...
Une fois ceci fait la commande idea devrait être disponible en ligne de commande.

Pour comparer deux fichiers utilisez simplement la commande suivante :

idea diff <fichier1> <fichier2>

Ou cette commande pour comparer deux répertoires :

idea diff <répertoire1> <répertoire2>